Gerbershausen im 14. und 15. Jahrhundert

Während des 14. Jahrhunderts gelangte das gesamte Dorf allmählich in den Besitz der Familie von Hanstein. So wurde beispielsweise 1362 die sog. "Wolfsmühle" (später auch Gerbershäuser Mühle genannt) in Gerbershausen an Heinrich von Hanstein verkauft.

In diese Zeit fällt auch die Ersterwähnung des Ortsteiles Rothenbach (Ersterwähung 1308), das 1362 hessisches Lehen wird.

Das gesamte Eichsfeld gehört in dieser Zeit bereits (bis 1802) zum Kurfürstentum Mainz.

Gerbershausen im 16. Jahrhundert

In der Mitte des 16. Jahrhunderts entwickelte sich Gerbershausen zu einem wichtigen Ort für die Familie von Hanstein. Ebenso wie viele andere eichsfeldische Adelsfamilien, wandten sich auch die von Hanstein relativ früh der neuen Lehre Luthers zu.  

1547 erhielt Gerbershausen durch die von Hanstein als eines der ersten Dörfer des Gerichts Hanstein seinen ersten protestantischen Prediger (Prädikant).

Die hiesige Dorfkirche stellte wohl das Zentrum der evangelischen Kirche im Gericht Hanstein dar. Zum einen diente sie der Familie als Begräbnisstätte. Der noch heute vorhandene Angerstein, ein ehemaliger Grabstein eines Hans von Hanstein aus dem Jahre 1587, gibt Zeugnis davon.

Im Jahr 1565 wurde auf Anraten des Propstes Burghard von Hanstein eine evangelische Schule in Gerbershausen errichtet. Diese ist nach derzeitigem Kenntnisstand die älteste Dorfschule des Eichsfeldes.

Außerdem war Gerbershausen in der Zeit von 1578 bis 1771 Gerichtssitz des Gesamtgerichts Hanstein. Hier hielten die von Hanstein zweimal in der Woche im Wirtshaus „up der Muren“ die Lehns- und Gerichtstage für ihr Gebiet. Im November 1771 wurde das Hansteinische Gericht nach Wahlhausen verlegt.

Ende des 16. Jahrhunderts erlangt die Gemeinde Gerbershausen zudem das Recht zum Bier brauen.

Gerbershausen im 17. Jahrhundert

Von 1618 bis 1648 wütete der bis dahin schrecklichste aller Kriege auf deutschem Boden: der Dreißigjährige Krieg. Dieser dezimierte die Bevölkerung, verwüstete das gesamte Land und machte Deutschland zum Schlachtfeld der Nachbarmächte. Neben Verwüstung und Zerstörung allerorts kam es zu Plünderungen, Hunger und unermesslicher Not. Es war ein Krieg ohne Skrupel.

Dieser Krieg verschonte auch Gerbershausen nicht. So wurde unter anderem das gesamte damalige Dorf Rothenbach in dieser Zeit zerstört.

Als sich die Schweden in das Kriegsgeschehen einmischten, war auch Gerbershausen im Jahr 1632 komplett von protestantischen schwedischen Truppen besetzt. Es kam zu monatelangen Einquartierungen von Soldaten. Während dieser Zeit hatte die Gerbershäuser Bevölkerung einen wiederholten Konfessionswechsel zu ertragen.

Die hansteinischen Güter Ober- und Unterstein verdankten es wohl der Entfernung zum Hanstein, dass sie nicht den zahlreichen Raubzügen zum Opfer fielen. Dagegen brannten jedoch alle Güter des Dorfes Bornhagen komplett nieder.

Als im Herbst 1648 endlich die Friedensverträge unterzeichnet waren, läuteten im ganzen Reich die Glocken, mit Sicherheit auch in Gerbershausen. Die Menschen feierten das Ende des großen Krieges vielerorts mit Dankgottesdiensten. Die Bevölkerung des gesamten Eichsfeldes war 1648 auf 12.000 Menschen zurückgegangen.

1611 / 1626 und 1682 gelten als die Pestjahre im Eichsfeld und somit auch in Gerbershausen.

Zu den bedeutenden Personen aus Gerbershausen des 17. Jahrhunderts zählt Konrad Backhaus, der ca. 1630 in Gerbershausen geboren wurde. Er promovierte im Jahr 1657 in Ingolstadt zum Dr. der Medizin und war von 1668 bis 1680 als Arzt in Duderstadt tätig.